时间来到木叶56年，佐助和楠雄已经在忍者学校上了两年学。
鼬也已经13岁，被三代任命为暗部分队队长。
止水却没有听从团藏的话，虽然他不知道为什么团藏的禁咒没起作用，但他却将这件事瞒了下来，经过和鼬的商量开始和三代进行接触。
止水与其说依旧是根的成员，不如说是恢复了暗部的身份，只是在根卧底。
三代猿飞日斩经由止水的报告和有意识的去调查，发现团藏的确有很多过分之处，甚至和大蛇丸有很深的关系，人体实验也有他的一分。但是他让卡卡西将那个唯一幸存的木遁使者带入暗部后，他还是没有对团藏进行处理，只是开始慢慢削弱他的权力。
长老们也开始动摇，逐渐分成两派，但主要还是以猿飞日斩这个火影党为主。
卡卡西退出了暗部，按照三代的建议开始带忍者学校刚毕业的学生。
同年，传来了大蛇丸叛逃晓组织的消息。
这还不是最重要的，木叶得到不确定消息，大蛇丸不知道用了什么办法，竟然让田之国大名同意，让他在国境内成立了音忍村。
这让木叶的长老团们都炸了。
如果音忍村的首领真的是大蛇丸，那么大蛇丸将不再是木叶的叛忍，而是田之国音忍村的的首领，木叶将不能再以叛忍的名义去追杀和逮捕他。
于是木叶和宇智波逐渐紧张起来的气氛瞬间被这个消息压下去了很多，现在大蛇丸才是最重要的。
毕竟宇智波这几年来似乎也没有表现出明显的抗议，不如说他们族中的宇智波止水和宇智波鼬这两个天才是很明显的火影派，而且能力真的很强，为木叶做出了很多贡献。
不如说，比起之前宇智波家族的蠢蠢欲动，这几年来的宇智波家族已经渐渐安分了下来。
至少通过布满宇智波家族族地的监控并没有发现大量谋反发言和行动。
这都要归功于止水、鼬和富岳三人。
由止水和鼬作为村子和家族之间的缓冲带，再由富岳慢慢统一家族内的意见，告诉他们关于监控的事情，表示木叶其实什么都知道，但是三代并不准备做什么，只要他们不动手。但同时，只要宇智波不先动手，木叶绝对不会先下手，这是三代的保证。
自然有很多宇智波不满意，他们准备谋反本来就是因为村子的一再驱逐，竟然还装了监控？这不是更过分了吗？这能忍吗？
“那么就要因此牺牲大量的生命吗？就要重新挑起战争吗？你们确定在村子有准备的情况下能赢？”宇智波富岳问。
他们无言了一会儿。
宇智波一族都是极其骄傲的，被称为忍界第一族的他们现在竟然混到如今这个地步，这无疑是让人很窝火和不甘心的。