在朱由校的软磨硬泡之下，内阁妥协了，同意通过他的南巡计划，不过还是要与他约法三章，限制他的行为。一是为了他本人的安全，二是为了不要妨碍民生。至于内阁的要求，朱由校自然也都一一答应下来。
天启二年十月二十三日，内阁通过正式的行政文件，批准了南巡计划；现已开始进行内部讨论，进行详细的规划。
并且内阁已经提前派遣官员向朱由校即将到达的地区发出通知，希望当地官员可以做好充分的接待准备。
其实朱由校本来并不怎么想提前这么久就通知那些即将到访的地方的，因为这会使当地官员有充足时间去作表面工程以糊弄自己，最终使视察结果失真。但是出于安全问题，还有接待礼仪等等问题的考量，他也并没有再坚持。再内阁提前放出消息后，朝野反响剧烈，反对的声音相当之大，但内阁硬扛了下来，现在负责通知的官员也已出发了。
虽然朱由校已经催了无数次，但是南巡计划彻底制定完成，已经是十月末了。
在安排，这次南巡的随行人员是极少的，即使算上水手与士兵，也不过一千三百余人一一完全没有天子应有的规格。而且，因为这是有史以来第一次皇帝走海路巡狩，并没有先例可循，所以礼部、兵部等对于舰队的数量、规格等等也是僵持不下，难以定夺的。最后在朱由校“一切从简、一切从速”的命令下，还是在前天给出了可以执行的方案。
大福船十二艘，其余大小型船只四十余艘，现在都已经停靠在了天津港，随时可以出发。朱由校其实非常想坐一次百米余长的大宝船，可惜他来错了时代，永乐年间的宝船早就已经腐烂了，到现在已经连木料的残渣都不剩。至于造新船，一是时间不等人，二是对财政负担实在是太大了，这让他是惋惜。
内阁已经结合实际情况给他的行程做了详细的规划。记住最大的影响因素，其实还是地理环境：
他要经过的第一个地方就是渤海。渤海是我国之内海，平均水深18米，最大水深85米，20米以下的海域面积占一半以上。
冬季，渤海由于强寒潮频繁侵袭而出现沿岸结冰现象，不利于船舶航行。自11月中、下旬至12月上旬，沿岸从北往南开始结冰;翌年2月中旬至3月上、中旬由南往北海冰渐次消失，冰期约为3个多月。
所以他必须在11月初出初发，于是朝廷把时间定在了十一月三日，礼部与监天司都说那是一个黄道吉日。
影响朱由校这次航行速度的最大因素就是海上的洋流与风向。我国渤海、黄海、东海的海流主要是由黑潮夏季盛行西南风，冬季盛行东北风，以风浪为主，随季风的交替具有明显的季节性，10月至翌年4月盛行偏北浪。
所以他在大部分时间是逆风前进的，速度肯定快不了。郑和下西洋的船时速最快（趁风力）可达40千米；现在普通中式木制船只在风力允许的情况下也可达30至40千米。
不过朱由校此行是逆着方向前进，所以速度会慢很多，朱由校结合大臣的言论自己进行估算，航速多半在4.7节（约9千米/时）至16节（约30千米／时）。这倒也还在他的接受范围之内，没有办法，这是客观的事物无法改变。