奢崇明叛乱被平定的消息传回京城的时候，已经是十月末了。因为生产力的落后和因制度腐败导致的社会组织力的低下，此时的信息传播速度相当缓慢。
十月十六日，奢氏服诛，安氏被手下族侄所杀，余部皆降。朝廷的对策还没有商议完，叛乱就已经结束了，虽然有些尴尬，但这是好事。
于是，朝廷的大臣又开始了新的议提。只不过对象从如何平叛变成了如何论功行赏以及怎样平定事情的余波。
秦良玉加太子太保，族弟秦翼明升任都督同知，赏金五百，各地援川平叛部队各有封赏，不再详述。
朝廷的大臣们还没忘记什么是重点，论功行赏的事情让礼部内部讨论下就行了。如何处理西南叛乱的余波才是重点。
虽然奢崇明已经死了，但恶劣的影响仍在继续。西南的土司响应朝廷号召，率领各地土兵参加平乱的不少，但是也有更多的则是做了墙头草，在那里观望局势，甚至有一些头脑不清楚的私底下与奢氏、安氏叛军暗中沟通，有投效之意。
虽然朝廷天兵锐不可当，仅仅一月就将逆匪拿下，用强大的武力震慑了肖小之辈。但不稳定因素，并没有因此消失，西南已经恢复了表面的和平，但空气中仍然充满着紧张。许多土官恐惧着朝廷的报复，朝廷也对各地土司的“强则侵寇，弱则卑伏，不侍恩义”不满已久；表面上大家推杯换盏、齐聚一堂，庆祝着平叛的胜利，但实际上双方的状态是互相防备，剑拔弩张。
奢崇明这个“火星”已经被浇灭了，是西南地区作为“火药桶”的本质并没有改变。
内阁对事件处理的案件已放在了西苑昭和殿的桌子上。（没错，朱由校在向老祖宗嘉靖皇帝学习，经常在西苑办公。）朱由校仔细的翻看了一遍。对此有些不满。
大臣们的建议十分的中规中矩，废除永宁宣慰司，改为县制，朝廷派流官治理，其余参加叛乱的大小土司也是如此，至于其他的墙头草便当做不知道，冷处理了。
大臣们如此态度是很好理解的。虽然在此次叛乱中叛军已经攻陷了重庆，震动全蜀，但毕竟与历史上拉据十余年不同，仅仅进行了一个月就平定了，宁王都要比他持久，所以还不足以那么的震动中央。而且好不容易快速的平定了叛乱，已是万分幸运，哪有道理没事找事，自找烦恼呢。
每个朝代到了后期，郁总是偏向于保守的，不再年轻时的激进，大明自然不例外。大臣们都是老成持重的，对于一个帝国来说，稳定足以压倒一切。但朱由校并不满意这样，他并不希望大明在稳定与沉默中走向死亡，它需要的是革新，尽管这需要付出一定的代价，会有很长的一段镇痛期，但这值得。
“改土归流”是一项必须完成的事情，这可以说是历代穿越者与键政人士的共识，朱由校也不例外。
“永寿，叫人把这一封函还给内阁送去。”
这是朱由校第一次将内阁的意见发回重拟，他有些紧张，十分好奇内阁的反应。明朝内阁对皇帝“不合理”的诏旨，可以拒绝草拟，封还执奏。皇帝不满内阁意见发回重拟时，如果内阁认为自己的意见正确，可以拒绝重拟，以原票封进。