天启二年七月二十一日，万历爷的牌位被供于太庙，庙号“神宗”。朱由校太庙祭祀，与这位“早位中兴、晚年怠政”的爷爷做了最后的道别。
神宗是个名褒实贬的庙号，“民无能名曰神；物妙无方曰神；圣不可知曰神；阴阳不测曰神”；而臣子们给他的谥号是：“范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝”，简称“明显帝”一一行见中外曰显；受禄于天曰显；圣德昭临曰显；中外仰德曰显；德美宣昭曰显一一这是一个美谥，大臣们给了万历一个体面，也给了朱由校一份面子，也算是与之前那个并不怎么美好的庙号相抵冲了，君臣对此都是心知肚明，毕竟是早有惯例。
对此朱由校并没有干涉什么。
在七月下旬，朱由校终于下了决定朝鲜命运的决策，从浙江卫所抽取精锐士卒三千派遣朝鲜，驻扎汉城，毕竟北方形势危急、军队不能轻动，更是无兵可调：
近日保定巡抚张凤翔尺上疏，言：“且以一旅缀山海，一旅走桃林古北、一片石，诸口而别驰精锐…请增兵五千而…再益万五千人隶标下，万五千人驻保定，一万驻易州五千守紫荆等关……”希望朝庭在直隶地区增加兵力部署，请求皇帝向北方增兵。
而南方则久无战事，有着足够的兵员，人口充实便于幕兵，所这只驻朝鲜部队便决定从江浙抽取，它将由巩昌兵备副使何腾蛟指挥，归山东节制。
说实在的，后金如果真的大举入侵朝鲜，这三千人马几乎没有任何用处，甚至连拖延时间，等待明军“仁川登陆”都做不到（更何况此时的大明朝庭已经没有来一次抗金援朝战争的兵力、财政力、组织力和动员力了，如果朝鲜真的被后金入侵，明朝唯一能做的就是对其提供精神支持），但控制朝鲜全国这些兵力倒也是够了，等他们立足阵脚之后，对朝鲜的“中国化”改造也就可以提上日程了。
朱由校打算让这三千士兵直接从浙江走海路到朝鲜，尽可能的选择低调，延缓明军驻扎朝鲜的消息传播到后金的时间、并尽可能减少其国际影响，以免后金受到了太大的刺激，认为自己遇到了“生存危机”，于是狗急跳墙，提前向朝鲜大举进攻。
现在朝鲜的事情暂时告一段，朱由校选中的年轻官员们也大多已经赴京（只有瞿式耜父丧未至），枢密院的构建也可以开始着手了。
话分两头：伪金天命七年（明天启二年）七月，辽东。
天底下没有不透风的墙，朝鲜的政变很就传到了后金努儿哈赤的耳中。当然此时的后金连国家行政机构都十分粗糙、原始，就更没有什么像样的情报机构，所以他对政变的细节知之不详，更不知道朝鲜请求明朝驻军的事情，否则他恐怕就坐不住了。
努尔哈赤其实完全没有想到朝鲜政变者是有明朝势力的支持，只以为这是一场正常的内部政治冲突罢了：所以，他并没有太多激动，虽然相对而言亲金的李珲推翻了，但后金的外交国际环境就从来没好过一一“蚤子多了不痒，债多了不愁。”