嘉庆五年，阮元在杭州的成功也得到了朝中一致认可，即便是一向对阮元升迁过速不满的庆桂，也不得不暂时偃旗息鼓，承认阮元救灾海防之功。嘉庆也一直对阮元赞许有加，称阮元保举有功将士，从来以赏银为主，厚待士卒，但却绝不轻易保举官职，深得士众之心的同时，也没有乱了朝廷法度。每逢决案，亦必详慎，刑案文卷事由、证据清楚明白，绝无枉法怠惰之处。甚至有几次和纽祜禄氏独处之际，也不觉对她说起了这些。
“既然阮元做得好，那就多让他做几年浙江巡抚吧。”看着阮元确是个实干之臣，嘉庆一时间也对他再无疑虑。
可到了年终，阮元与抚院众人清点账目之时，阮元却依然愁容满面。
“也就是说，整个嘉庆五年，我们实际上一点亏空也补不上吗？”阮元问道。
“是这样的。”孙星衍道：“这一年来，能追赔的官员欠款，倒是追回了不少，可海防要用钱、赈灾要用钱，寻常开支，又不见少，能保证不出现新的亏空，已是很不容易了。”
“我也问过皇上，皇上的意思是，支援川楚的军费不算在开支之内，受灾各府县赋税，也都已经蠲免了，即便如此，想要补上这个漏洞，还是这般困难啊？”阮元叹道。
“多亏了前线将士用命，今年后半年屡战屡捷啊。”孙星衍道：“听前线战报，说那最初传播白莲教的刘之协，前些日子已经落网了。此外今年冉天元、刘允恭、杨开甲各部均被剿灭，还有不少人投降了朝廷。川楚形势，已然见好，敌人余部盘踞山岭，也有一段时间不敢和官军正面交战了。这样看来，若是来年战事有所缓和，说不定咱们浙江，就不用调那么多银子去前线了。”他所言刘之协是最初在湖北传播白莲教的反清领袖，在民众中颇有号召力，这一年他被清将马慧裕俘杀，对于白莲教众而言，是个不小的打击。而当战事进入嘉庆五年之末，白莲教众也渐渐无力支撑，只能分散川楚险要之处，继续做困兽之斗。
“这倒是个好消息，可对于咱们赔补亏空，帮助还是有限啊。”阮元沉思道：“今年海防之事甚多，原本想着清查仓库，都没能办成，到了来年，也只能希望海上战事少些，能多出些时间，来继续整顿政事了。兰泉先生，这亏空之事，还有何处可以一并着手呢？”
“仓库、海塘、盐务、北新关的关税，都是多弊之处，还有这馈赠之事，从来消耗公帑，也不在少数。伯元，你虽已告知浙江大小官吏，凡上门送礼，一概不收，可藩司臬司、各道府县，要想一并禁绝馈赠之弊，可不容易啊？”王昶道。
“伯元，我倒是不清楚，皇上那边，对这赔补亏空，究竟有没有年限呢？若是时间紧迫，那不如先将今年的岁入挪去补往年的亏空，至于今年的账，虽然也会出现新亏，可总能为皇上解一时之困，或许皇上见你补缺有功，还能让你多做几年巡抚呢，这样的话，以后还有的是时间，来补现在的亏空，你说这样如何？”孙星衍和阮元一样为官多年，清楚官场上勒令补缺，往往有操之过急之弊，是以这时也不得不为长久之计，向阮元建议道。