然而，阮家之中这般安闲的时日，却也终有结束的一天。就在这年十二月，嘉庆同意了翁方纲的致仕一事，而翁方纲之前的预言竟也意外成真，阮元果然补了他内阁学士之缺，回到了二品要员之列。
这一日，阮元也带着其余的《四库未收书》前来养心殿中，主动将书献与嘉庆。阮元在浙搜寻四库未收之书十年，前后共计得书一百七十四部，自己也一一仿纪昀《四库全书总目提要》之例，将其提要撰写完毕。嘉庆见阮元献书勤勉，自也大喜，当即决定将这次阮元进献之书，也一并归入《宛委别藏》之内。
“阮元啊，这次你能为朝廷充实图书，自也是大功一件了，这些书，朕就收在这养心殿里，严加看管。从此以后，这一百七十余部罕见古籍，也总是能够留存百世了。”嘉庆看着阮元的献书成果，也满意的对他说道。
“皇上，这些古籍确是抄本不多，若是果然失传，则臣身为读书之人，亦自痛心，如今能得皇上谕旨，长存秘阁，臣自感念皇上恩德，如此寻书之事，乃臣应尽之谊，臣不敢居功。”阮元也自谦辞道。
“好了，阮元，你有功也好，无功也罢，这几日朕回想起来，当年刘凤诰一案，你当是一时失察，并非有心徇隐。刘凤诰连号之事，当时就连陆言都不清楚，要你寻出他连号之弊，未免难为你了。这样说来，朕当时革除你官职，本就处罚重了，如今重新拔擢你为内阁学士，亦是公允之举，你可清楚了？”嘉庆也对阮元解释道，这番言语，自然也是在提醒阮元，不得将进献书籍视为升迁捷径。
“皇上，臣清楚了，皇上能够记得臣旧日辛劳，对臣破格擢用，臣自当实心任事，为皇上尽心竭力。”阮元当即答道。
“实心任事……阮元，朕相信你，可这天下军机卿贰，督抚藩臬，能真正实心任事的，又有几个呢？”不想嘉庆方听阮元言毕，竟然长叹了一声，又对阮元道：“又或许，便是他们果然实心任事，有些事，也一样办不成啊。前几日，江浙三名督抚将海运一事的上疏送到了朕这里，依他们之见，这海运何止是不可行，乃是大不可行之事啊。勒保、章煦、蒋攸铦三人，前后列举海运不可行之见十二条……唉，就算其中一半都是凑数的，可另一半，朕不能不看啊？其中一条便是，如今行海运，不能保证其必成，可另一方面，也不能仅因行了海运，便将漕运弃而不顾了啊？可这样一来，朝廷漕运上的用度，一时减不下来，可海运又要增加新的用度。浙江尚有旧亏未补，你也知道，而江苏亏空之事，看来比浙江严重数倍不止，朕就算想要试行海运，又上哪里去寻这些钱来呢？其实你的想法朕也清楚，无论能不能成，这件事总要先试错吧？可如今，朕连试错的开支，都没有啊？今年安徽又有水患，还要拨款赈灾，黄河……”阮元自然清楚，上一年钱楷从广西改任了安徽巡抚，这一年仅仅为了救灾，便在安徽耗去大半心力，又听到嘉庆之语，一时心中也是酸涩，不知海运一事应该从何说起。