最贵重的是那只装着高僧舍利的八重宝函，大小不同，层层相套，依次揭开，光芒眩目。最外面的是檀香木宝函，用极珍贵的檀香木制成的黑漆木函，呈正方体，雕花银棱，乌黑发亮。檀香木函内是一个略小的鎏金盝宝函，顶面錾两条行龙，首尾相对，四周衬以流云纹；函的四侧面分别刻着四大天王图像，每侧斜面均錾双龙戏珠，四侧立沿各錾两只迦陵频伽鸟。
鎏金盝宝函里面是素面顶银宝函，通体无纹，不加丝毫雕刻绘描而浑然生辉；再里面就是鎏金如来说法顶银宝函，函件正面是如来说法的图案，两菩萨、四弟子、二金刚力士、二供奉童子相陪，外壁凿有如来及观音画像，和金刚沙弥合什礼佛的图景，造型逼真而细腻，场景丰富生动。
第四重的六臂观音纯金顶宝函正面为六臂如意轮观音图，左侧为药师如来图，右侧为阿弥陀佛图，背面为大日如来图；第三重纯金宝函系纯金雕铸，函身通体以珍珠、宝石嵌饰，函盖顶面和侧面红、绿二色宝石镶嵌成大大小小的莲花，并雕上花瓣图案，极其华丽精美。
第二重的武夫石宝函以武夫石磨制而成，周身以雕花金带为边，镶嵌珠宝花鸟，另以珍珠为装饰；最内层是舍利藏立之所，一座单檐四门纯金塔，金质莲花朵捧托金珠顶，四面檐角翘起，阁额及檐下均饰菱纹，塔身四壁刻满纹饰，并有四扇小金门，门周布鱼子纹，门下部有象征性飞梯至塔座，小巧玲珑，金碧辉煌，中立一小银柱，用以套置佛指舍利，银柱托底呈八瓣莲花状，柱底还有一墨书小字“南”。
用如此珍贵的宝函装影骨舍利，鬼迦罗大师和恨山禅师丝毫不怀疑真正的佛骨就在石室里，他们熟知佛门的典故和各种收藏手法，能断定三枚影骨舍利就是为了掩护佛祖舍利而留下的；佛祖舍利应该是在宝函中，可是杨志记不住是哪一个宝函，，杨志一面埋怨自己看网文不仔细，一面想的还是库中库。按照整个石室设计的习惯，要是库中库，就应该还是在最后一个石室；宝函的体积不小，屋梁墙壁没有动静，杨志只能把眼光放在下面的土层。
土层，杨志心中一动，法门寺那些僧人都动了这么大工程，为什么不给地上铺上石板，不用大理石，用一般的青石板也行啊，最起码可以保护丝绸之类的东西。杨志一寸一寸地观察地上的土层，终于发现有一块土的色泽与其他土不一样，虽然时间已久，但是还是能看出明显的差别。
杨志要人送进来一把禅杖，细心地挖开了土层，一个密龛显露出来，密龛里藏着一个包裹，打开包裹又是一个铁函。杨志能听到周围人的呼吸紧张，就是恨山禅师的心跳也比平时快了不少；杨志努力使自己不动声色，打开了铁函，里面是一个被丝绸包裹的镏金函；镏金函上面摆着一大一小两颗水晶珠，镏金函里面又是一个银函。
这是一个四十五尊造像顶银函，上面錾刻金刚界四十五尊造像曼荼罗，宝函除底面外，其他五面均錾刻图像。顶面所錾刻的图像有五重，以顶图像为中心，共四十五尊佛构成整个密宗曼荼罗坛场。银函里有个檀香木函，檀香木函里还有个水晶椁子，水晶椁子里还有一个玉棺，杨志揭开了玉棺棺盖，玉棺里面是一枚舍利。