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9月30日，由暗部“区块”和“学校”叛变引发的“傀儡入侵”战争结束。
学园都市亡羊补牢，迅速召回大部分在外行动的警卫部队，加强都市内部的巡逻和防御，并且调集全部力量，搜捕残存下来的自动傀儡。
与此同时，针对第十三学区的修复重建，西大门的恢复工作以及战争遇难者的抚恤作业也在有条不紊地展开。
一边对外发布声明，一边安抚市民，学园都市表面上迅速归于平静。
但是在地下世界，战争引发的骚乱才刚刚开始。
作为“傀儡入侵”战争的导火索，发动叛乱的暗部“区块”和“学校”遭到强势镇压和秘密处决――由同样配备有level5“原子崩坏”的暗部“道具”执行。
“区块”连同境外合作势力被一网打尽，斩尽杀绝。
然而暗部“学校”，却因为首领垣根帝督突然失踪而处于解散状态，主要成员早已经各奔东西，所以处决者们最终补了个空。
“学校”事实上已经崩溃。
但是他们留下的混乱却在继续扩散。
――在凌氏内战期间，凌长云和垣根帝督临时结盟。受凌长云的要求，垣根帝督发动暗部“学校”在地下世界的影响力，在武装无能力者集团内部掀起叛乱，重创了这个刚刚诞生不久的庞大组织。
地下世界的混乱由此展开……
风纪委员第一七七支部，几个风纪委员再度投入到疯狂加班当中。
“白井同学，下一处是前方第三街区，爆发十人以上规模的械斗，请务必小心。”
初春饰利双眼紧盯着面前的三块屏幕，两手十指飞快舞动，敲打着键盘。
由她遥控指挥，白井黑子在四处奔波，处理突然爆发的各种事件。
同时，坐在另一张办工桌后面的固法美伟也在进行类似的工作――她是在协调与其他支部，以及警卫部队方面的联系。
当然，也在沟通“执法队”……
啪的一声，固法美伟合上手机，一边摘下眼镜，揉着额头。
抬头看了眼处于高度集中状态的后辈初春饰利，她不由得叹了口气。
“越来越忙了啊，自从大霸星祭之后……”固法美伟起身，走到冰箱前，取出一盒武藏牛奶。
“真是想不到，竟然还发生了入侵战争！而且在这个急需人手的紧要关头，执法队那边反而陷入内乱……”
“是啊?因为凌星夜前辈失踪?武装无能力者集团群龙无首。”本以为全神贯注在处理工作的初春饰利突然开口回应，“事实上?目前处理的绝大多数事件都是因为不良集团之间的斗殴和冲突事件。”