随着郑氏集团的投降，对于永历这个南明小朝廷来说，打击是非常巨大的，他们彻底失去了一个巨大的助力，而且海上随着郑氏集团的投降之后，也掐断了他们继续在海上获取财源的可能性。
而大中朝在解决了福建郑氏集团这个大麻烦之后，更是腾出了更多的兵力调入到了广东开始对永历小朝廷发动了攻势。
永历小朝廷的军队在大中军的猛烈进攻之下，只能是节节败退，不断的将他们控制的地盘丢掉，先是整个广东被大中军攻占，进而大中军在年底之前，又攻入到了广西境内。
永历帝眼看广西不保，于是只得继续逃窜，转而在过年的时候，逃入到了云南境内，使得大中军在天元三年二月的时候，便控制住了广西全境，将整个永历小朝廷的势力范围压缩到了小小的云南境内，使得永历小朝廷江河日下，再也无力反抗了。
而肖天健在天元三年三月，下令调集善于在山地作战的各路人马共十万余人，对云南永历小朝廷发动了最后一击，各路人马兵分三路，从广西、贵州、四川三地开始进兵云南。
永历小朝廷的军队根本无法抵抗兵强马壮的大中军，而且云南各地土司也都接到了大中朝的圣谕，告知他们只要投顺大中朝，今后对于他们这些土司会宽以对待，否则的话，大中军一到，必令其灰飞烟灭。
这些土司也都不傻，眼巴前看着大明已经完了，仅剩下永历小朝廷还在最后进行着微弱的抵抗，在云南苟延残喘，大中军兵势之强，也让他们根本无法与之相抗，与其跟着永历小朝廷，在大中军来了之后被灭族，倒还不如倒戈赶紧找一条出路，对于中原王朝的更迭对于他们这些土司来说，影响不算是太大，只要他们表示顺服，今后便还可以继续给大中朝打工，所以云南各地土司在这个时候也纷纷宣布投顺大中朝，并且集结土兵，帮着大中军对付永历小朝廷的军队。
结果是短短三个月的时间，永历小朝廷的军队便纷纷被大中军击溃，降的降死的死，永历帝也不得不卷铺盖继续走人，眼看着中国境内已经基本上都被大中朝控制，他已经是逃无可逃，于是永历帝便在几百名忠心耿耿的侍卫的保护之下，从云南逃入到了缅甸王国境内。
大中朝天元三年五月，云南宣布全境归服大中朝，至此肖天健的大中朝也完成了对整个南方的控制，包括海南岛在内，五月间大批大中军海军在雷州出发，渡海在海南岛登陆，海南岛上的琼州府三州十三县的官员心知无力反抗，于是一个月不到的时间，便纷纷宣布归降大中朝，接受大中朝的统治。
消息传到南京城之后，朝野顿时一片欢腾，每个人都长长的松了一口气，奔走相庆，庆贺大中朝自此之后，总算是可以安稳下来了。
肖天健得知云南和海南岛都被收复的消息之后，也立即开怀大笑了起来，当即便在宫中设宴庆祝，当晚险一些喝的酩酊大醉。