另外这半年多来，肖天健留在北京，除了关注着辽东战况之外，也关注着北方的疫情，他最担心的北方鼠疫之事，在这一年之中，并没有像历史上那样大规模的爆发，由于北方提前平定下来，加上太医局方面和各地官府受命重视北方疫情的控制，虽然年初四月间在宣大一带和河北保定府一带，确确实实小规模的出现一些疫情，但是据太医局的回复，这些地方的疫情并不属于鼠疫，而是属于一般性的时疫。
由于官府的重视，这种疫情发现很早，太医局又有提前准备，一经发现便立即调集大量药物进入疫区，并且按照肖天健的旨意，派兵对疫区进行封锁，并且对于死亡人员的尸体进行火化深埋处理，同时在疫区派发预防药物，设立施药处进行施药，免费治疗感染时疫之人，另外还对于疫区进行消洒，所以这种小规模的时疫，并未大规模的扩散，很快便被扑灭。
进入冬季之后，历史上可能发生的那场大规模的鼠疫，并未在北方出现，这也让肖天健彻底放心了下来，再也不用为这件事担忧了。
再者由于大中朝早已定下要定都北京城的事情，在这件事最早议定之后，一些嗅觉敏锐的商人便开始提前在北方布局，本来北京就是大明朝的政治文化中心，现在大中朝又要定都北京，肯定今后北方会再次繁荣起来，所以一些商人便有意识的提前到北方置办产业，虽然大中朝推出举措，限制土地的兼并，但是却鼓励商人到北方投资兴办各种实业产业，同时也推出各种措施，鼓励南方朝北方乃至是陕西移民，填充这些年来北方天灾人祸所造成的人口剧减的土地。
所以这一两年来，南方的商贾和移民，在这些政策的鼓励下，纷纷朝着北方移民，大中朝朝廷也不断推出各种措施，引导北方农业结构的改变，一是大力推广农业部门新选育出来的优质种子，另外大面积扩繁种植产量高而且耐旱的作物，比如玉米红薯之类的品种，同时也通过南方，引种了马铃薯也就是土豆，开始在北方扩繁，以此来改善北方种植结构，提高北方农田土地的但产量。
而且肖天健为了改善中国人的饮食结构，提高中国人饮食营养，大力鼓励发展畜牧业特别是家庭的鸡鸭鹅以及猪牛羊的养殖，田间地头的空地也鼓励人尽可能的利用起来，种植上蔬菜以及高产的南瓜等农作物，以此来引导农民能更好的满足他们的需求。
对于赋税方面，其实大中朝也并没有降低加在百姓头上的赋税，甚至于比起明朝的赋税征收额度还要高一些，但是大明之所以老百姓负担不起朝廷的赋税，原因并不是赋税太高，而是下级的官吏以及胥吏们在征收赋税的时候，所增加的各种加派以及规费还有许多巧立名目的东西，这才是让老百姓深恶痛绝的事情。
这些钱收上来之后，并未进入到国库抑或是地方府库之中，而是让各层的官以及胥吏们给收入到了他们的私囊之中，在大明朝形成了恶性循环，大家都按照这些潜规则办事，老百姓的负担日益加重，这才导致了最终大明朝财政的崩坏以及民间造反浪潮。