肖天健攻下南直隶之后，天下人其实很快便都知道了肖天健即将立国登基称皇的消息，可是对于这件事，不管是谁，都无可奈何，因为刑天军的实力在哪儿放着，现如今的刑天军已经成了一个庞然大物，已然不可撼动。
大明朝廷上下，不管是崇祯皇帝还是那些大臣们，除了怒骂肖天健是一个逆贼之外，只能背地里唉声叹气，到了这会儿，明思宗朱由检，也就是崇祯皇帝的政令，已经无法通令全国了，虽说时下尚有陕西部分地区、四川、云南、贵州、两广、江西以及福建部分地区还名义上在朝廷的管辖之下，但是中间却横亘了一个肖天健建立起来的庞大势力，使得大明皇权在这个时候，对这些区域基本上失去了管理的能力，崇祯即便是想要下旨到这些地方去，也要派人穿过肖天健控制的区域，才能抵达，可是途中往往会被大中国的军方给抓住，使得他的圣旨很难发到京辅、山东、宣大之外的地方，所以虽然明知肖天健要在南京城登基称皇，可是崇祯却对此是毫无办法可言，只能眼睁睁的坐等肖天健完成他的登基，成为一个可以和他平起平坐的皇帝。
到了这会儿，以大明朝廷的实力，已经根本无力再对刑天军发动任何有效的攻势了，因为南直隶的丢失，使得大明王朝已经失去了最为重要的财政和粮食的来源，往日间繁忙的运河，在扬州等地被刑天军攻占之后，从南直隶和浙江等地朝京师方向发送物资的漕船全部都停止了下来，大批漕船的船民和漕船要么被刑天军控制，要么就主动投降刑天军转而开始向肖天健效力。
如此一来，北方一带不管是财政还是粮食，都开始出现巨大的缺口，要知道大明王朝在朱棣迁都北京之后，财政和粮食的耗度南直隶和浙江就占了六成左右，现如今漕运被刑天军断绝，可想而知大明朝廷立即便陷入到了巨大的恐慌之中。
京师之中自从南直隶开战之后，便接到的漕船越来越少，后来到了崇祯十三年十月之后，更是漕船断绝，仅能从德州、徐州、淮安、临清等漕粮仓库之中将一些陈粮调运到京师之中使用，一时间北方到了年底的时候，便出现了大面积的粮荒，当官的、勋贵们有钱，便拿钱抢购粮食储存起来，但是老百姓也没有多少粮食，京辅之地和山东又连遭建奴入寇，整个北方残破不堪，百姓人口也大减，大批百姓不是南逃就是被建奴掳为奴隶押赴到了关外，许多地方出现了数十里无人烟的情况，想要征粮也没地方争去。
缺粮的影响是非常巨大的，北方的官军这个时候还有不少，这十几万官军也要吃饭，朝廷拨不下来，他们便自行去抢，老百姓的日子便更苦了许多，大明官军的才不管老百姓有没有饭吃的事情，他们总之是要先吃饱肚子的，所以抢起老百姓的时候，比起建奴还要厉害一些，可以说为了找粮食，他们对能够得着的地方，都采取了刮地皮式的搜掠，北方到了崇祯十三年底的时候，可以说再一次出现了饿殍遍地的情况。
大批百姓实在是没法活了，干脆弃了田地和家园，纷纷南下逃往了刑天军控制的区域，一时间有几十万甚至可以说是超过百万民众，从朝廷控制区之内，纷纷逃入到了刑天军的辖地之中。